Рано начались и лимнологические исследования Байкала. Во второй половине тридцатых годов XVIII в. участник Второй Камчатской экспедиции И. Г. Гмелин даёт описание байкальского тюленя.

Позднее другой учёный, академик И.Г. Георги, входивший в экспедицию Д. С. Палласа 1772-1773 гг., более подробно описывает нерпу — это уникальное животное Байкала. И. Г. Георги здесь же описывает и промысел нерпы. Кроме того, он изучат байкальский омуль, а также первым высказал идею о тектоническом происхождении озера. К слову сказать, в приложении к описанию путешествий И. Г. Георги, изданном Академией наук в 1775 г., была опубликована первая карта Байкала.

В трудах академика П. С. Палласа дано научное описание байкальской губки, голомянки, тринадцати других видов рыб и трёх видов рачков-бокоплавов.

С осени 1766 г. к изучению Байкала приступает известный сибирский исследователь и учёный Эрик Лаксман.

Озеро Байкал является самым глубоководным озером в мире. Экспедицией Главного Гидрографического управление Военно-Морского флота СССР в 1959 г. найдена у восточного берега острова Ольхон наибольшая глубина озера Байкал, равная 1637 метрам. Целенаправленные промеры глубины озера начали проводить ещё в 1778 г. служащие Колывано-Воскресенских заводов Сметанин и Копылов. На участке от Ангары и до устья Селенги ими было сделано 28 измерений глубины дна озера. Максимальная глубина, выявленная ими, составила 1238 метров.

В течение трёх летних месяцев 1855 г. начал исследования бассейна озера Байкал натуралист Радде, посланный Императорским Русским Географическим обществом с научными целями в Сибирь. Его исследованиям подверглось побережье озера от истока из него Ангары до острова Ольхон. Далее учёный прошёл по всему северному берегу и дошёл до Верхней Ангары и далее поплыл вдоль восточного побережья Байкала до устья реки Селенги.

Иркутские повествования. 1661 - 1917 годы. В 2 т. / Автор-составитель А. К. Чернигов. Иркутск: "Оттиск", 2003. Т. 2.